Jest tylko kilka konkretnych szczegółów dotyczących jego życia.  Urodził się w Lubaniu w 1530 roku. W Lubaniu dorastał. Nie wiadomo jednak, gdzie zdobył wykształcenie, ale około 1560 roku pracował jako kantor i nauczyciel w słynnym Gimnazjum Trotzendorffa w Złotoryi. Uczył tam gry na flecie, skrzypcach i fortepianie, a także kompozycji.

W roku swojego ślubu, 1569, był już kapelmistrzem na dworze księcia piastowskiego Henryka XI z Legnicy, Brzegu i Złotoryi. Zadedykował mu również swoją pierwszą dużą kompozycję: Dulcissimae cantiones.

W 1575 roku ukazało się jego kolejne ważne dzieło, Cantus choralis, które zadedykował luterańskiej radzie miasta Wrocławia. Kilka lat później, w 1579 roku, był kapelmistrzem w Heidelbergu w służbie księcia Ludwika VI Wirtembergii, któremu poświęcił Cantiones piae w 1580 roku, a także szereg pieśni świeckich, które nazwał Neue deutsche Liedlein (Nowe niemieckie piosenki).

Wkrótce po śmierci elektora w 1583 roku Knöfel powrócił na Śląsk, a wkrótce potem udał się do Pragi jako organista w kościele Braci Czeskich na Nowym Mieście. W 1592 roku publikuje tam Novae melodiae. Po 1592 roku nie ma już żadnych dalszych odniesień i informacji o jego pracy i życiu. Zakłada się, że zmarł on w Pradze w 1617 roku.